How does stochasticity in learning impact the accumulation of knowledge and the evolution of learning?
该研究通过数学模型表明，学习过程中的随机性通过增加知识水平的变异性，使自然选择能够筛选出知识更丰富的个体，从而促进知识的跨代累积，并推动种群进化出更倾向于投入时间进行社会学习（尤其是向父母学习）的策略。
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464 篇论文
charisma: An R package to perform reproducible color characterization of digital images for biological studies
本文介绍了 R 语言软件包"charisma"，该工具通过标准化、可靠且可重复的方法对生物图像进行高通量颜色表征，解决了现有方法在大规模生物色彩进化研究中的局限性，并验证了其在坦纳吉鸟（tanagers）色彩演化分析中的有效性。
Parallel adaptive responses to postponed reproduction increase lifespan and immune defense
该研究利用高度重复的果蝇实验进化系统发现，选择推迟繁殖不仅显著延长了寿命，还同步增强了免疫防御和抗逆性，其背后的适应性机制涉及约 300 个基因的高度收敛性多基因响应，且这些候选基因主要富集于神经发育和形态发生功能类别而非传统的衰老或免疫通路。
The not-so-great speciator: Systematics and species limits in a rapid radiation, the Asiatic white-eye complex (Zosterops spp.)
本研究通过整合基因组 SNP、等位基因数据及博物馆形态测量学，系统解析了亚洲绣眼鸟复合种的快速辐射演化，揭示了菲律宾与日本等地种群间的深层分化与形态演化特征，并指出尽管存在显著的谱系分裂，但部分类群尚未达到独立物种的演化阶段。
Phylogenomic analyses of the Austral podocarps (Podocarpus: Podocarpaceae) reveals unlikely hybrid ancestry of a New Zealand species
该研究通过靶向捕获测序和系统发育网络分析，揭示了新西兰南半球罗汉松物种*Podocarpus nivalis*是由跨塔斯曼海扩散的*P. lawrencei*与本地*P. laetus*杂交形成的，这一发现突显了网状进化在南半球裸子植物演化中的重要性。
Pleiotropy and repeated mutation drove convergent domestication of grain amaranth
该研究揭示，苋属谷物在多次驯化过程中通过同一基因的重复突变导致种皮颜色变白，进而通过解除种子休眠这一多效性机制，使作物在人类改造的农业环境中获得竞争优势，表明植物对人工环境的适应往往源于非意图性的生态选择而非人类的主动干预。
Cytonuclear Conflict and Reticulate Evolution in the Morelloid Clade (Solanum, Solanaceae): Insights from Genome Skimming and Network Phylogenomics
本研究利用基因组浅层测序技术，结合核基因组与质体基因组数据，揭示了茄属黑茄组（Morelloid clade）中普遍存在的核质冲突现象，并证实重复的叶绿体捕获事件而非单纯的谱系分选不完全，是驱动该类群（特别是非洲多倍体和泛美二倍体谱系）网状进化的主要机制。
Determinants of chromosomal rearrangements in holocentric Leptidea butterflies
该研究利用九套染色体水平基因组组装和 138 个全基因组重测序个体，揭示了在全着丝粒染色体蝴蝶（Leptidea）中，卫星 DNA 簇、核糖体 DNA 和片段重复序列是驱动染色体大规模重排（如断裂和融合）的最强序列预测因子，而非转座元件。
Phenotypic and Genomic Evidence of Adaptive Tracking in Thermal Tolerance of Wild Populations of an Invasive Drosophila.
该研究通过多年对入侵果蝇（*Drosophila suzukii*）野生种群的表型与基因组分析，揭示了其临界低温耐受性（CTmin）作为一种高度多基因性状，虽能随季节性温度波动发生适应性追踪进化，但往往不留下强烈的基因组信号，而寡基因性状（如抗药性）则表现出显著的季节性基因组印记，从而阐明了适应性追踪在驱动该物种入侵成功中的广泛作用。
TRACKING EVOLUTIONARY COSTS OF IMMUNE ADAPTATION AGAINST SINGLE VERSUS COINFECTING PATHOGENS
该研究利用赤拟谷盗实验进化体系发现，尽管针对单病原或共感染病原的进化并未在繁殖或寿命等核心性状上表现出预期的适应性权衡，但揭示了内部与外部免疫间的代价、资源限制下的条件依赖性代价，以及进化可能通过提升整体体质来掩盖潜在成本。
Ploidy reorganizes ionomic composition across metabolically active and mineralized tissues.
该研究以新西兰泥螺为模型，揭示了基因组大小（倍性）并非通过改变单一元素需求，而是通过协调多元素在代谢活跃组织与矿化组织间的重新分配，从而重塑生物体的整体化学组成。
Coding sequence clustering universally predicts fine- and coarse-scale chromatin compartment landscapes
该研究通过对 247 个物种的系统分析发现，编码序列（CDS）的密度分布是跨物种预测染色质区室化精细与粗尺度景观最一致且高度保守的决定性因素，揭示了其在细胞核空间组织中的普遍作用。
Calcareous sponge cell atlas provides support to homology between sponge and eumetazoan body plans
该研究通过构建钙质海绵的单细胞转录组图谱并与刺胞动物数据对比，证实了海绵的领细胞层和皮层分别与后生动物的内胚层和外胚层同源，从而支持了海克尔关于海绵与后生动物体层同源的假说。
Evolutionarily Optimal Phage Life-History Traits: Burst Size vs. Lysis Time
该研究通过基于病毒与微生物比率动态方程的新模型，揭示了噬菌体在面临吸附限制等干预措施时会进化出更长的裂解时间和更大的爆发量，而在环境生产力增加时则倾向于缩短裂解时间以加速生命周期循环。
Single capsid mutations modulating phage adsorption, persistence, and plaque morphology shape evolutionary trajectories in {Phi}X174
该研究结合实验进化与数学建模，揭示了单点衣壳蛋白突变如何通过调节噬菌体ΦX174 的吸附速率和环境持久性，在不同传代间隔条件下驱动其适应性进化轨迹并改变噬菌斑形态。
The persistence and loss of hard selective sweeps amid admixture in ancient Eurasians
该研究利用域自适应神经网络分析了过去 7000 年间欧亚古 DNA 数据，发现硬选择性清除在人类历史中占主导地位，且涉及神经、生殖、肤色及信号传导等功能的多个适应性突变在强烈的混合事件和遗传漂变中得以长期保留。
The biogeography of the stripped Venus clam, Chamelea gallina, in the Mediterranean Sea indicates limited gene flow and shows evidence of local adaptation.
该研究通过海景观基因组学分析表明，尽管条纹镜蛤（Chamelea gallina）在大部分分布区内存在显著的基因流，但环境异质性驱动的局部适应仍导致了明显的种群遗传结构，这强调了在制定渔业管理策略时必须整合适应性基因组信息。
Divergent Biological Consequences of APOE Isoforms Across Industrialized and Non-Industrial Environments
该研究通过对比肯尼亚图尔卡纳人和马来西亚原住民，证实了工业化环境会改变 APOE ε4 等位基因的生物学效应，表明其在非工业化环境中并非普遍有益，其具体的成本与收益取决于当地的环境变异。
The gene ivory:mir-193 controls scale type differentiation in Heliconius butterflies
该研究通过 CRISPR 基因编辑和单核转录组测序证实，Heliconius 蝴蝶中的 ivory:mir-193 基因座是控制鳞片类型分化的关键遗传热点，其中 ivory 驱动翅膀图案变异，而 mir-193 则通过作为共转录终止子介导下游鳞片命运的多样性。
Taming the Genetic Fire: Transposable Element diversity across thermal environments in polychaetes
该研究以多毛类环节动物为模型，揭示了热环境的不稳定性会抑制转座元件的多样性，表明转座元件多样性可能受到自然选择的调节，以平衡由热胁迫诱导的转座激活与维持基因组整体突变率之间的稳态。